Les Tortues sauvent un alligator mutant des griffes des Kraangs. Michelangelo décide de s'en occuper lui-même et devient ainsi son ami.
Les égouts de New York ont un nouvel intrus qui fait parler de lui. Alertés par la nouvelle, les Tortues Ninja décident de partir à sa poursuite et de l'intercepter, afin de préserver leur territoire, et dans le même temps, leur secret...