Shredder, un individu démoniaque doué en arts martiaux, fait régner la terreur sur la ville. Seule une bande de quatre joyeuses tortues a le courage de l'affronter.
Les égoûts de New-York ont un nouvel intrus qui fait parler de lui. Alertés par la nouvelle, les Tortues Ninja décident de partir à sa poursuite et de l'intercepter, afin de préserver leur territoire, et dans le même temps, leur secret...