Le NCIS collabore avec la police mexicaine dans l'espoir d'appréhender un terroriste d'Al-Qaïda qui a passé une alliance avec un cartel de la drogue.
Quand la police de Los Angeles, en lutte contre les cartels mexicains de la drogue, découvre que l'un d'entre eux a scellé une alliance avec un terroriste d'Al-Qaïda, le NCIS intervient. Callen et son équipe travaillent en étroite collaboration avec Eva Espinoza, une responsable de la police mexicaine qui a décidé d'en faire une affaire personnelle. C'est alors que les agents découvrent que deux faux agents du FBI les précèdent systématiquement dans leur enquête et effacent toute trace compromettante. Pendant ce temps, Sam mobilise toute l'équipe pour retrouver un bien très précieux qui lui a été dérobé : Charlène, sa voiture de collection...