Après le meurtre d'une cryptanalyste de la DEA, Sam et Callen se rendent à bord du porte-avions USS Allégeance auprès du capitaine Harmon Rabb.
Le meurtre d'une cryptanalyste de la DEA met au jour une menace intérieure, orchestrée par des sympathisants de Daech qui tentent de s'en prendre à des cibles militaires. L'enquête du NCIS conduit Sam et Callen à bord de l'USS Allégeance, un porte-avions qui se trouve dans le golfe Persique, auprès du capitaine Harmon Rabb. Ancien membre du JAG, ce dernier travaille désormais comme second sur ce navire...