Scooby-Doo et ses amis enquêtent sur un nouveau mystère : un paléontologue vient, en effet, de leur apprendre qu'un dinosaure fantôme sévit dans la région.
Scooby-Doo a vécu une expérience terrifiante dans une maison hantée et a besoin de se mettre au repos. Toute l'équipe prend la route du Nouveau-Mexique, où Scooby-Doo doit passer quelques jours à se détendre dans le spa de monsieur Hubley. Un jour qu'ils doivent visiter un site paléontologique, dont les fouilles sont supervisées par le professeur Svankmajor, Scooby-Doo et Sammy s'éloignent du groupe et tombent nez à nez avec un dinosaure terrifiant, le Phantosaure...
Une nouvelle aventure pleine d'humour, de mystère et de surprises pour Scooby-Doo et ses amis.